Впервые пещера, которая называется Крубера-Воронья, была исследована грузинскими спелеологами до глубины девяноста пяти метров в 1960-ом году. Именно тогда она получила первую часть своего названия – Крубера. Вторично ее исследовали спелеологи из Красноярска до глубины двухсот десяти метров уже в 1968-ом году. Снова вспомнили о пещере в 1982-1987-ых годах. На этот раз исследованием природного углубления занялись киевские спелеологи, которые спустились на триста сорок метров. Они-то и дали пещере второе название – Воронья. В настоящее время глубина исследованной части составляет две тысячи сто девяносто один метр.
Крубера-Воронья представляет собой вереницу колодцев, соединенных галереями и перелазами. На глубине двухсот метров карстовая пещера разветвляется надвое, а уже на глубине одной тысячи трехсот метров одна из этих ветвей расходится на множество других. Интересно, что водами Круберы-Вороньей питается самая короткая река под названием Репруа.