Древний монумент состоит из высеченных огромных горных формирований, лежащих на глубине от пяти до сорока метров. Самое популярное из них из-за его уникальной формы прозвали «черепахой». Несмотря на то, что потоки здесь весьма опасны, памятник стал одним из наиболее популярных во всей Японии мест для аквалангистов.
Ключевым вопросом, вокруг которого возникают дискуссии, является происхождение памятника. Согласно мнению ученых, формирование выточили на протяжении тысячелетий сильные водные потоки и эрозия, при этом они акцентируют внимание на том, что памятник является единой частью твердой скалы.
Другие же утверждают, что монумент имеет искусственное происхождение, указывая на квадратные углы, прямые края и различные формы. Если же правы сторонники теории искусственного происхождения, то возникает еще более интересный вопрос: кто создал памятник Йонагуни, а главное с какой целью?